Sau khi chiếm được Bắc Kinh, Tưởng và chính quyền của ông đã nhanh chóng tổ chức lại chính quyền trong thời bình. Vào tháng 7, ông và các nhà lãnh đạo của bốn tập đoàn quân đã gặp nhau tại Bắc Kinh để thảo luận về việc xuất ngũ và giải giáp quân đội khoảng 2,2 triệu quân một phần của Quốc quân.[129][130] Tưởng mong muốn giảm một nửa quy mô của quân đội, để giảm các khoản tiền của chính phủ cho sự phát triển trong nước. Sự thiếu thống nhất trong chính quyền mới nhanh chóng trở nên rõ ràng và vào ngày 14 tháng 7, Phùng Ngọc Tường rời Bắc Kinh.[130] Một cuộc họp chung của Quốc Dân Đảng đã được tổ chức tại Nam Kinh từ ngày 8-14/8. Tại cuộc họp này, cũng có sự tham dự của các thành viên không phải là Quốc dân đảng Phùng Ngọc Tường và Diêm Tích Sơn, cuộc thảo luận chủ đề chính là tập trung hóa. Tưởng mong muốn có được quyền lực để kiểm soát quyền lực địa phương và tập trung vào chính quyền trung ương, đồng thời ngăn chặn thời kỳ quân phiệt trước đây.[131] Bộ trưởng Bộ Tài chính Tống Tử Văn kêu gọi tất cả các khoản thu sẽ được tập trung trong kho bạc quốc gia.[132] Tuy nhiên, cuối cùng, người ta đã nhận ra rằng việc tập trung hóa thực sự chỉ có thể xảy ra nếu các chỉ huy, các cựu quân phiệt, từ bỏ quyền lực tài chính và quân sự của họ cho chính phủ quốc gia. Mặc dù các nguyên tắc này đã được các thành viên Quốc Dân Đảng đồng ý, nhưng việc thực hành trên thực tế không được chắc chắn.[133]

Chính phủ Nam Kinh thời bình mới được ra mắt vào ngày 10 tháng 10 năm 1928, kỷ niệm lần thứ mười bảy bắt đầu cuộc Cách mạng Tân Hợi, với sự lãnh đạo của Tưởng. Quốc gia vẫn de facto chia thành năm vùng kiểm soát bởi các nhà lãnh đạo quân sự.[134][128] Phe Nam Kinh kiểm soát khu vực xung quanh Nam Kinh và Thượng Hải, trong khi phe Quảng Tây kiểm soát Hồ Bắc, Hồ Nam và Quảng Tây. Tây Bắc quân của Phùng Ngọc Tường tiếp tục kiểm soát Thiểm Tây, Hà Nam và một phần của Sơn Đông và Trực Lệ, trong khi Diêm Tích Sơn kiểm soát Sơn Tây, Bắc Kinh và khu vực xung quanh Thiên Tân.[134] Trương Học Lương tiếp tục kiểm soát Mãn Châu như một quốc gia độc lập gần như và các quân phiệt địa phương ở Tứ Xuyên, Vân Nam và Quý Châu vẫn như trước khi Bắc phạt.[134][135]

Quân phiệt bị đánh bại Trương Tông Xương trở lại Sơn Đông vào năm 1929, nơi ông đã phát động một cuộc nổi dậy chống lại cấp dưới trước đây Lưu Trân Niên. Cuộc nổi loạn bị dập tắt nhanh chóng, nhưng nó cũng chứng minh sự quản lý không vững chắc của chính quyền Nam Kinh trên lãnh thổ rộng lớn của Trung Quốc.[136] Khi Tưởng cố gắng cắt giảm quân đội và tập trung quyền lực của chính phủ quốc gia ở Nam Kinh, các quân phiệt địa phương, với lực lượng quân sự gần như không thay đổi, bắt đầu từ bỏ lòng trung thành với Tưởng và lập liên minh chống lại Quốc dân đảng.[128] Cuộc đấu tranh giành quyền tối cao này đã nổ ra xung đột vũ trang trong Trung Nguyên đại chiến năm 1929-1930. [137] Mặc dù Tưởng cuối cùng đã chiến thắng trong cuộc chiến đó, đảm bảo vị thế là người lãnh đạo duy nhất của tất cả Trung Quốc, nhưng chủ nghĩa địa phương và chủ nghĩa quân phiệt vẫn tiếp tục, làm suy yếu đất nước và đặt nền móng cho Chiến tranh Trung – Nhật và Nội chiến Trung Quốc.[138]

Tại Liên Xô

Bắc phạt trở thành điểm tranh chấp giữa Joseph Stalin và Leon Trotsky ở Liên Xô. Stalin khuyến khích Đảng Cộng sản hợp tác với Quốc dân đảng nhiều lần, vì ông tin rằng Quốc dân đảng có khả năng hoàn thành cuộc cách mạng Trung Quốc. Trotsky đã chống lại sự hợp tác với Quốc Dân Đảng, vì ông tin rằng nó trái ngược với khái niệm cách mạng vô sản. Quốc tế cộng sản ủng hộ quyết định của Stalin đã hỗ trợ tài chính Quốc Dân Đảng.[139] Stalin, trong chiến lược Trung Quốc đã cấm vũ trang công nhân và nông dân, và khuyến khích hợp tác với giai cấp tư sản, được coi là dễ bị tổn thương sau sự thất bại của Mặt trận Thống nhất. Thất bại này đã kết tinh việc ông rời khỏi cách mạng quốc tế và hướng tới "Chủ nghĩa xã hội trong một quốc gia".[140] Stalin sẽ không bao giờ tin tưởng vào Đảng Cộng sản Trung Quốc, mà sau này ông gọi là "bơ thực vật cộng sản" người chệch khỏi chủ nghĩa Mác chính thống trong cuộc phát động đối với nông dân, chứ không phải là công nhân, cách mạng.[141]